陰莖短小的檢查診斷不可輕易下定論，臨床上顯示，有很多自認為是陰莖短小的人其實都不是真正的小陰莖，而是由於個體差異和其他因素影響造成的假象，臨床常用真空負壓裝置療法(又稱持續勃起功能訓練法或樂大夫康樂器療法)來治療。
治療陰莖短小
不同人群的“陰莖改造”方法：
1、體形肥胖的人，由於身體下腹部的脂肪層比較厚，造成陰莖被埋入脂肪層，形成“烏龜頭式陰莖”。這種情況下用脂肪抽取機除去下腹部的脂肪層或手術切除脂肪層後，在外觀上就有陰莖長度延長的效果。
2、單純脂肪註射陰莖成形術：這種手術方法是抽取自身的脂肪，註射入陰莖內。優點是手術簡單，創傷少。缺點是註射脂肪的存活與否這一關健問題受較多因素制約，手術效果也不盡理想。醫學界對此方法有不同看法，仍然處於探索階段，提高脂肪移植後存活率是關健。
3、假體植入：假體植入本來是歐美國傢治療器質性陽痿的一種手術方法。植入假體後，陰莖也可以增長、增粗。因此，在一些有強烈增大增粗陰莖願望的患者的要求下，歐美國傢有時也使用這一方法滿足他們的要求。此類手術在國內目前還很少開展。
小陰莖治療方法有一定改進。但是，雄激素的替代仍然是主要的治療方法。由於給患者體內提供瞭足夠的睪酮，將刺激陰莖的發育，並不影響骨髂的生長和閉 合。Aller推薦的治療方法為每3周口服睪酮25mg，總量不超過100mg。應通過治療前、後的陰莖長度測量(恥骨至龜頭)評價治療效果。應從一歲開 始治療。目的是使患兒生殖器官發育與身體增長保持一致。如患兒陰莖生長比較同齡兒童差，應重復上述治療。對伴有睪丸下降不全的患兒，應在2歲前行睪丸下降 固定術。亦可應用LHRH，促進陰莖的發育和睪丸下降。
“陰莖懸韌帶切除術”和“陰莖帶蒂皮瓣移植術”被認為是目前為止較為滿意的陰莖重建方法。
一、陰莖懸韌帶切除術
這項手術的原理是：從人的體表外觀看到的陰莖隻是陰莖的一部分，陰莖的另一部分隱藏在恥骨下面的組織內，由陰莖懸韌帶固定。當切除陰莖懸韌帶後，讓 這一部分的陰莖也外露出來，從而延長陰莖。資料顯示，在治療陰莖發育不良癥者1347例病案中，84%的患者陰莖可延長3至5厘米。國內外醫學界普遍認 為，這種手術操作安全，病人痛苦少，費用不高，便於推廣應用，在重建陰莖這一技術領域中，是目前最好的方法。
二、陰莖帶蒂皮瓣移植術
陰莖帶蒂皮瓣移植術又叫自體真皮脂肪瓣移植術，是增粗陰莖的有效方法。陰莖帶蒂皮瓣移植術最先在國外開展，近年推廣到國內。
陰莖帶蒂皮瓣移植術增粗陰莖的方法是：用取自自身的皮膚組織，去除表皮，保留真皮和脂肪，移植到陰莖上，增粗陰莖。為保證移植成功，手術要分步進 行：先從自體供區(腹股溝或臀部或大腿根部)取皮膚，制作帶蒂皮瓣。“帶蒂”的意思是指並不完全切除皮膚，而是保留部分內含有血管供應的“蒂”，保證皮瓣 的成活，制成“帶蒂皮瓣”;確定“帶蒂皮瓣”成功準備、存活後，進入第二步。切除表皮，保留真皮和脂肪，移植到陰莖上。此時仍然需要保留含有血管供應的 “蒂”，直到確認移植組織成功在陰莖形成新的血管供應，移植組織成功存活，不再需要“蒂”提供血管供應後才能切除“蒂”，完成整個手術。 這個手術的優點是：能夠保證較高的移植成功率，保證較可靠的增粗效果。
陰莖短小的飲食
食療保健
小陰莖的飲食療法：
可采用動物鞭及睪丸，如牛鞭、狗鞭、鹿鞭、羊腎、雞睪等，低溫幹燥，研成細粉，每服6g～10g，每日1～2次，飯前服用;或新鮮者燉服;或與枸杞子、首烏、肉蓯蓉分別堡湯，長期食用，效果更佳。
常吃牛肉、羊肉、狗肉、豆制品可能使陰莖和第二性征的發育;豬、羊、狗睪丸和胎盤，任選一種，焙幹研粉，每次吞服2克，每天2次，長期服用有類似療效。多吃點高蛋白的食物，可用淫羊藿，肉蓯蓉，煅龍骨煲湯。
服用雄激素治療的時候可以補充相應的食物。
富含雄激素的食物有：
動物內臟。含有較多的膽固醇，而膽固醇是合成性激素的重要成分。此外，還含有腎上腺素和性激素，能促進精原細胞的分裂和成熟。
含鋅的食物。含鋅量最高的食物首推牡蠣肉，其他如牛肉、牛奶、雞肉、雞肝、蛋黃、貝類、花生、谷類、豆類、馬鈴薯、蔬菜、紅糖等都含有一定量的鋅。
含精氨酸的食物。富含精氨酸的食物有鱔魚、鮎魚、泥鰍、海參、墨魚、章魚、蠶蛹、雞肉、凍豆腐、紫菜、豌豆等。
含鈣食物。含鈣豐富的食物有蝦皮、咸蛋、蛋黃、乳制品、大豆、海帶、芝麻醬等。
富含維生素的食物。維生素A、維生素E和維生素C都有助於延緩衰老和避免性功能衰退，它們大多存在於新鮮蔬菜、水果中。
飲食隻能起輔助治療的作用，想要徹底解決還是要進行手術。
陰莖短小術後護理
手術治療陰莖短小後怎麼護理呢?臨床上針對男性的陰莖短小的現象通過陰莖延長術能夠得到很多的矯治，手術得知治療原理是通過將隱藏在男性腹部的一截陰莖顯露出來達到手術矯治的目的。但是術後需要我們大傢進行及時的護理，避免術後並發癥的出現才能保證手術的是順利恢復。
那麼，手術治療陰莖短小後怎麼護理：
一、術後的24小時內要註意觀察陰莖的血液循環情況，如果發現血瘀、腫脹嚴重的現象要及時的跟主治醫師進行溝通，采取相應措施。
二、術後3日內要按照醫生的建議積極的換藥，拔除引流條，術後7天以拆線。
三、術後的5日內要服用抗生素，防止傷口感染。
四、術後服用藥物避免陰莖勃起，註意多休息。
陰莖短小會影響生育能力嗎
現代醫學認為：倘若睪丸生長良好，內分泌功能無異常，單純陰莖長得短小(小於5厘米)，並不妨礙性生活。因為從男子來說，即使陰莖短小些，但勃起功能依然很好，能完成性生活，並能生兒育女。從女方來說，女性的陰道伸縮能力很強，能適應大小不同的陰莖。陰道的神經末梢全部集中在外1/3段，而內2/3段，在性反應中充分擴張而且缺乏足夠的神經末梢，所以說陰莖的大小對女方的感受來說意義不大。
陰莖真正短小的概念：①長度：青春期前短於2.5厘米，青春期短於5厘米。周長：青春潮前小於1厘米，青春期小於7.5厘米。②第二性征發育不良：如聲帶、胡須、膠毛、陰毛、喉核等。③性器官發育不正常，性功能障礙，無勃起功能，無精子，無生育能力。具備以上幾點才算是真正的陰莖短小。
陰莖短小是下丘腦垂體發育慢，睪酮水平低。陰莖的分化、發育全靠體內的睪酮水平。如果母體妊娠第6-9個月期間，睪酮分泌嚴重不足，胎兒陰莖發育低於正常速度，出生時陰莖便會較小。
陰莖短小的原因
陰莖的大小主要是受遺傳因素的影響，真性男性陰莖短小癥是多見於先天性，少數為後天的。
先天性小睪丸癥，陰莖也短小，由於睪丸分泌男性激素不足，因而缺乏性欲和正常性功能，雖然可以使用睪丸酮來治療，但隻能增強性功能，而不能生育。先天性真性男性陰莖短小有的可以通過陰莖延長術來改變。
後天性的陰莖短小，主要因睪丸痿縮引起，如：長其從事超聲、微波、放射線、高溫等作業的男性，青春期前腮脈炎合並睪丸寒，長期食用粗制棉籽油等，均可引起睪丸痿縮。
後天性真性男性陰莖短小癥的睪丸分泌雄激素功能正常，性染色體也正常，主要是精子生成障礙而引起不育癥，但並不影響生殖器官及第二性征的發育，也不影響正常的性欲和性功能。後天性的真性男性陰莖短小癥，經過治療或避免損傷，睪丸功能的工作，是可能逐步得以恢復的。陰莖短小男性不必自卑，部分男性還是可以通過一些按摩手段和藥物來達到恢復的。